1.1 制药行业在管理过程中面临问题
1.1.1 发货单难以管理控制
发货单是用来在不能确定销售发票的情况下所开的一种单据，是制药企业经常采用的一种单据，发货单通常应该在一定的周期后转为销售发票，但由于缺乏严格的监督机制，业务员会出现不开销售发票、少开销售发票、延期开销售发票等情况，而企业也会觉得发货单难以管理，觉得对发货单的管理会越来越力不从心。
1.1.2 应收账款统计不准确
由于制药企业通常采用发货单发货，又会涉及将发货单，而财务记账是以发票为准，财务统计出的应收账款只包括形成发票后的金额，而且对于发货单则无法监控。有以下公式:
应收账款 = 销售发票金额 + 开发货单未开发票金额
而多数制药企业的电算化系统只是考核到销售发票，对于企业实际应收账款则是依靠手工计算，出现差额是在所难免。
1.1.3 财务部不能对仓库的库存监控
在企业所采用的一般财务软件中，财务库存出库的核算是以销售发票的开出核算的，在制药企业，企业通常都会采用发货单发货，仓库的实物库存出库则是按照出库单(或发货单)出库，这样会导致财务库存和实物库存无法核对。实际上，财务库存和实物库存的核对有以下公式:
财务库存 = 实物库存 + 出库未开票 – 开票未出库
实际上，财务库存和实际库存的核对还应该考虑到退货(例如退货时货到票未到)、临时调拨(或借货)等情况。
1.1.4 销售结算依靠手工，或只是部分实施电算化，对结算员的监督不够，对所结算的数据没有依据。
制药企业在实现销售结算中，通常都是按药品按公司政策有所不同，部分结算还会有特别政策到医院或到业务员个人，企业对结算员在结算过程中的差错或错误都难以控制和复核。以及销售政策变动后也较难推广，需要组织各方面人员学习。政策的实施往往会推后。
另外，制药企业的结算所采用的数据和财务所采用的数据会经常变动，结算所对应的数据的应收账款和财务的应收账款会有所不同，双方会有较大的差额，由此即使结算员所算业务费是完全正确，其中还有很大一部分是错误的。根据我们的统计，通常一个亿的企业在三年左右的时候，结算和财务的应收账款的差额会在两百万以上。而随着时间和业务量的扩大，业务也在不停发生变化，该差额的对账工作将会变得难以完成。
1.1.5 销售控制能力不强，对各省公司、办事处和业务员的销售情况不能准确动态实时的反应。
企业对于业务员的发货、回款，企业不能准确、实时监督，业务员的欠款、陈欠款不能准确、实时反应，经常容易出现在业务员欠款较大时离职的现象或出现欠款过多。
省公司或区公司经理对业务员的监督不够，对业务员的监督的支持仅仅依靠每月底财务的报表，但对业务员当月的行为，具体到业务员在当月的每一笔具体业务，在管理时则缺乏实时的信息。
1.1.6 销售政策的制定缺乏数据支持。
制药企业在制定销售政策的过程中，往往会预先估算该销售政策所能带来的毛利，但对于该政策是否能实现该毛利则不能确定。
1.1.7 车间监督能力不强，对车间核算只能依靠车间核算员。
制药企业由于行业的特殊性，针对某一批次制成成品后是较难推算出实际耗用的各种原材料的量，企业管理人员和财务人员进入车间的次数也会比传统行业少得多，所以，在管理层对车间的核算和监控力度会比传统行业相对较弱。针对这种情况，就会容易出现车间材料浪费、人员工资核算混乱且难以管理的现象，如果没有很好的管理手段，车间的管理比较容易出现真空。
1.1.8 成本核算缺管足够的方法和数据支持。
如果采用标准的财务软件的进行成本核算，虽然能够算出当月每一种产品的成本，但这种成本只是一种财务意义上的成本，并不能够真实反映企业某一种产品盈利的成本，因此，在很多利润相对较小的产品，企业在制定成本过程中也会显得比较盲目，甚至于在确定销售价格后也不能确定该产品是否盈利。
